Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от Медаки Куроками и студенческого совета в Академии Хаконива наступило временное затишье. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме готовятся к новым испытаниям. В академии происходят странные события, связанные с директором школы. Он скрывает свои истинные намерения и запускает "План Флакона" - проект, основанный на манипуляциях и подавлении, который начинает поглощать окружающее пространство. План представляет собой систематическую угрозу для всего учебного заведения.

Основная опасность исходит от группы новых студентов под названием "Партия тринадцати". Эти учащиеся обладают сверхспособностями и действуют под руководством Удо Мияконодзе, харизматичного и самоуверенного лидера. Группа стремится захватить власть и разрушить порядок, установленный после предыдущего конфликта. Действия "Партии тринадцати" создают серьезные проблемы для студенческого совета. Ситуация осложняется возвращением старого врага, который ранее был побежден, но теперь намерен завершить свои цели.